La recherche à l'Institut d'Urbanisme de Paris est organisée autour de deux laboratoires, eux-mêmes inscrits dans un environnement scientifique à l'échelle de l'Ile-de-France :
Lab'Urba EA 3482
Le Lab'Urba EA3482 est une association entre les équipes de recherche de l'IUP et de l'IFU
Laboratoire Vie Urbaine
Vie Urbaine est l'une des composantes de FRE LOUEST 3222 avec le centre de recherche sur l'habitat (école d'architecture de Paris-Val de Seine), l'université Paris 10 et l'école d'architecture de Clermont-Ferrand.
Ces laboratoires accueillent les doctorants inscrits à l'école doctorale EGEE et travaillant dans les domaines couverts par leurs axes de recherche respectifs.
La formation par la recherche s'effectue soit dans le cadre de la mention "Urbanisme" dans laquelle est prévue une voie principalement consacrée à la recherche, dès la première année, soit dans celui de la mention "Cité et mobilités" du master "Urbanisme et territoires" (principalement pour les thèmes des transports et des mobilités).